¿Puede aplicarse el RECC cuando el destinatario es un empresario que tributa en el recargo de equivalencia?

Sí, lo que determinará un diferimiento del IVA repercutido y del recargo de equivalencia hasta el momento en que se produzca el cobro de la operación (con la fecha límite del 31 de diciembre del año inmediato posterior a aquel en que las operaciones se hayan efectuado).