¿Deben registrarse las operaciones no sujetas a IVA y las sujetas pero exentas? ¿Cómo?

Sí. Existiendo obligación de expedir factura, (artículos 2 y 3 RD1619/2012 que regula las obligaciones de facturación) ésta debe registrarse. Tratándose de operaciones no sujetas o exentas, se consignará tipo impositivo “0” y cuota del impuesto “0”.